Sisäelinmuutoksiin ja -sairauksiin lukeutuvat kilpirauhasen toimintahäiriöt ja kilpirauhastulehdus, keuhko-ongelmat, ruokatorven, mahalaukun ja suoliston toimintahäiriöt, munuais- ja maksatulehdus erityisesti primäärissä sairauden muodossa, neurologiset oireet, muutokset imurauhasissa, vaskuliitti eli verisuonitulehdus sekä ihottumat ja allergiat.
Kilpirauhasen vajaatoiminta saattaa johtaa muun muassa vaikeaan väsymykseen, aloitekyvyttömyyteen sekä hitaisiin liikkeisiin ja reflekseihin. Vajaatoiminnasta johtuva hidastunut aineenvaihdunta heikentää kylmänsietokykyä ja aiheuttaa painonnousua. Lisäksi Sjögrenin syndroomaa sairastavalle voi kehittyä hapoton maha. B12-vitamiinin imeytyminen häiriintyy ja sen puute voi aiheuttaa muun muassa polyneuropatiaa ja dementiaa. Raudan imeytymisessä on hapottomassa mahassa ongelmia, jolloin voi esiintyä kielen polttelua, kivuliaita afta-haavaumia ja suupielten haavaumia.
Primaaria Sjögrenin syndroomaa sairastavista noin 15 prosentilla on keliakia. Tosinaan Sjögren-potilaalta saattaa löytyä kliinisesti merkittävä maksasairaus, kuten primaari biliaarinen kirroosi, jossa pienet sappitiet tukkeutuvat. Myös haimatulehdukset ovat yleisiä. Riski sairastua pahanlaatuiseen imukudoskasvaimeen (Non-Hodgkin ja MALT-lymfooma) on noin 40-kertainen. Noin 11–33 prosentilta Sjögren-potilaista löytyy munuaisputkien ääreisosien muutoksia. Tämä heikentää hapon erittymistä virtsaan ja johtaa veren happamoitumiseen sekä kaliumin menetykseen.
Riski steriiliin virtsarakon tulehdukseen on noin 15-kertainen terveisiin verrattuna, ja sitä esiintyy noin seitsemällä prosentilla Sjögrenin syndroomaa sairastavista henkilöistä. Myös bakteerien aiheuttamia virtsarakon tulehduksia esiintyy normaalia enemmän kuivien limakalvojen vuoksi.
